努比亞布拉格S搭載基于Android 5.0.2的nubia UI 3.1.0，開機時新增省電黑或清新白兩種主題配色可選，前者實際看上去更像是藏青色和綠色的'搭配，并且該系統新增FiT邊緣觸控功能，可通過單邊或雙邊的滑動實現特定操作，支持功能自定義。

努比亞布拉格S加入了一個眼紋識別和應用加密功能，用以增強安全性。不過，在室內燈光條件下，嘗試了數次錄入眼紋均無法成功，錄入到50%左右時便會彈出環境光線過暗的提醒，因此使用環境的局限性仍然比較大，也無法用于時下火熱的移動支付。